Основной функцией специализированного депозитария ипотечного покрытия по отношению к эмитенту ипотечных ценных бумаг является  ведение реестра ипотечного покрытия.

В состав ипотечного покрытия могут входить как несекьюритизированные требования, обеспеченные ипотекой (кредитный и ипотечный договоры), так и ценные бумаги в виде закладных или ипотечных сертификатов участия.

В ипотечном покрытии не допускается наличие дефолтных обязательств и обязательств по которым утрачен предмет ипотеки. Учет ипотечного покрытия специализированным депозитарием должен вестись таким образом, чтобы однозначно идентифицировать предмет ипотеки, сумму требования, степень исполнения обязательства, а также порядок и периодичность платежей.

Депозитарий осуществляет:

 – учет и хранение имущества, которое составляет ипотечное покрытие;

 – хранение и учет прав на ценные бумаги, которые составляют ипотечное покрытие;

 – контроль за распоряжением имуществом, которое составляет ипотечное покрытие (контроль за соблюдение эмитентом требований действующего законодательства и условий эмиссии, установленных зарегистрированным решением о выпуске облигаций с ипотечным покрытием; контроль за соблюдением управляющим требований действующего законодательства и зарегистрированных правил доверительного управление ипотечным покрытием);